立足国家重大科技需求，致力于建设国际一流的零磁科学基础研究与装置技术创新高地，构建从“科学问题—技术路径—应用验证”的全链条原创创新体系。中心利用零磁科学装置，开展零磁医学、生物学、材料化学等零磁科学基础研究。同时从零磁科学基础研究需求出发，牵引零磁科学装置的研发，推动零磁科学装置及其核心器部件的关键技术攻关和迭代；负责零磁科学大数据中心建设；推进零磁科学与装置的应用转化，服务零磁医学、零磁生物学、零磁材料化学的发展。